Η Ιερά Σύνοδος, οι Μητροπόλεις, τα Νομικά Πρόσωπα Δημοσίου Δικαίου της Εκκλησίας, οι μη κυβερνητικές οργανώσεις της, αναπτυξιακές εταιρείες της Εκκλησίας, θα μπορούν να συνάπτουν προγραμματικές συμβάσεις με το Δημόσιο, και με φορείς του ευρύτερου δημοσίου φορέα, «στο πλαίσιο της δράσης που αναπτύσσουν για την πρόοδο της χώρας».
Η σκανδαλώδης τροπολογία, την οποία καταψήφισε σύσσωμη η αντιπολίτευση δεν προβλέπει ούτε κριτήρια και διαδικασίες αξιολόγησης των προτεινόμενων έργων, ούτε σύστημα ελέγχου για τη χρήση των δημόσιων πόρων που θα διατεθούν μέσω των προγραμματικών συμφωνιών. Σημειώνεται ότι ο υπουργός Οικονομίας και Οικονομικών, παρά τις αλλεπάλληλες ερωτήσεις, έχει αποφύγει να ενημερώσει τη Βουλή για τις χρηματοδοτήσεις που έχουν λάβει τα ιδρύματα της Εκκλησίας από τον κρατικό προϋπολογισμό, το Γ’ ΚΠΣ και από το υπουργείο Εξωτερικών.