Την αλλαγή του πολιτικού και διοικητικού συστήματος της χώρας θεωρεί ο πρώην υπουργός και υποψήφιος στη Β΄ Αθήνας Μιλτιάδης Παπαϊωάννου ως προϋπόθεση για να πάει η χώρα μπροστά. Ο στενός συνεργάτης του προέδρου του ΠΑΣΟΚ Γιώργου Παπανδρέου, με την τεράστια πείρα του και την ανοιχτή σκέψη, θα έχει συμβολή στις θεσμικές αλλαγές, που θα φέρει την επομένη ημέρα το ΠΑΣΟΚ.
Μια από τις προτεραιότητες θα είναι η ψήφιση νέου εκλογικού νόμου. «Χωρίς αξιόπιστο πολιτικό σύστημα, αξιοκρατική διοίκηση και κράτος λειτουργικό στην υπηρεσία του πολίτη, δεν μπορούν να αντιμετωπιστούν τα μεγάλα προβλήματα της οικονομίας, της οικολογίας, αλλά ούτε και τα εθνικά και κοινωνικά θέματα» πιστεύει ο Μιλτιάδης Παπαϊωάννου, ο οποίος φαίνεται ότι θα παίξει ρόλο στην υλοποίηση του κυβερνητικού προγράμματος του ΠΑΣΟΚ.
Ως εκπρόσωπος του ΠΑΣΟΚ στη Διακομματική Επιτροπή, ο Μιλτιάδης Παπαϊωάννου έθεσε ήδη θέμα περιορισμού των προεκλογικών δαπανών σε επίπεδα χαμηλότερα απ’ αυτά που προβλέπει ο νόμος, με χρηματοδότηση μόνο από την κρατική επιχορήγηση και τις εισφορές των μελών. Ο Μιλτιάδης Παπαϊωάννου πρότεινε στ’ άλλα κόμματα το δημόσιο έλεγχο των προεκλογικών εξόδων και τη δημοσιοποίηση του πόθεν έσχες όλων των υποψηφίων. Επίσης ζήτησε περιορισμό των προεκλογικών φυλλαδίων, τη μη ανάρτηση αφισών και τον καθαρισμό του χώρου από τα ίδια τα κόμματα και τους υποψηφίους.