Η συμφωνία των Πρεσπών έχει και παράπλευρες συνέπειες, καθώς, σύμφωνα με στοιχεία του Συνδέσμου Βιομηχανιών Βορείου Ελλάδος, περίπου 4.000 ελληνικές επιχειρήσεις δεν έχουν κατοχυρώσει το brand name «Μακεδονία». Με αποτέλεσμα σήμερα να κινδυνεύουν να το χάσουν κι έτσι μαζί να διακινδυνεύουν την αξιοπιστία τους, αλλά και την ίδια τους την επιβίωση σε αρκετές περιπτώσεις, αφού απευθύνονται κατά βάση σε διεθνείς και όχι απλώς σε περιφερειακές αγορές.