Έντονη αντίδραση από επιχειρηματικούς φορείς προκάλεσε η απόφαση του υπουργείου Οικονομικών να παρατείνει μέχρι τέλος Σεπτεμβρίου την προθεσμία επιστροφής του ΦΠΑ στις επιχειρήσεις. O Σύνδεσμος Εξαγωγέων Βορείου Ελλάδος σε επιστολή του αναφέρει μεταξύ άλλων ότι το μέτρο ουσιαστικού παγώματος ΦΠΑ στις εξαγωγικές επιχειρήσεις αποτελεί καίριο πλήγμα γι’ αυτές και ζητά την εξέταση των εναλλακτικών προτάσεων. Συγκεκριμένα:
1. Συμψηφισμό του πιστωτικού υπολοίπου ΦΠΑ εξαγωγικών επιχειρήσεων, από την κατάθεση της σχετικής αίτησης επιστροφής, με υποχρεώσεις που δημιουργούνται για την επιχείρηση προς το Δημόσιο, όχι μόνο φορολογικές (π.χ. φόρο εισοδήματος, ΦΠΑ, κ. ά.) αλλά και προς άλλους οργανισμούς/φορείς του Δημοσίου όπως ασφαλιστικές εισφορές για το ΙΚΑ.
2. Δανειοδότηση επιχειρήσεων με εγγύηση Δημοσίου για ποσά που αντιστοιχούν στις οφειλόμενες από το Δημόσιο επιστροφές ΦΠΑ στις επιχειρήσεις από το ΤΕΜΠΜΕ.
Την παρέμβαση του πρωθυπουργού, Γιώργου Παπανδρέου, ώστε να μην ισχύσει η απόφαση ζήτησε το ΕΒΕΑ προτείνοντας το συμψηφισμό των οφειλών του Δημοσίου από επιστροφές ΦΠΑ προς τις επιχειρήσεις, με τις φορολογικές και άλλες υποχρεώσεις που τυχόν έχουν.
Η Εθνική Συνομοσπονδία Ελληνικού Εμπορίου (ΕΣΕΕ) επισημαίνει ότι η απόφαση του υπουργείου αποδυναμώνει την ανταγωνιστικότητα των ελληνικών προϊόντων, ενώ στερεί τις επιχειρήσεις από αναγκαία για την επιβίωσή τους κεφάλαια κίνησης, οδηγώντας τις σε πηγές χρηματοδότησης με υψηλό επιτόκιο δανεισμού. Χαρακτηρίζει επίσης την παράταση του «παγώματος» επιστροφής ΦΠΑ έμμεσο δανεισμό του ελληνικού δημοσίου από τις επιχειρήσεις, ενώ επαναπροτείνει τη λύση του συμψηφισμού του ποσού επιστροφής του ΦΠΑ, το οποίο ξεπερνά το 1 δισ. ευρώ, με τις τρέχουσες φορολογικές και ασφαλιστικές υποχρεώσεις των δικαιούχων επιστροφής ΦΠΑ επιχειρήσεων. Ζητεί τέλος την παράταση της προβλεπόμενης προθεσμίας υποβολής των συγκεντρωτικών καταστάσεων τιμολογίων προμηθευτών / πελατών, η οποία τώρα είναι έως τις 25 Ιουνίου 2010, προκειμένου να είναι συνεπείς οι επιχειρήσεις ως προς τις φορολογικές τους υποχρεώσεις.