Μπορεί ο πρωθυπουργός να έχει άριστες σχέσεις με τον Αρχιεπίσκοπο Ιερώνυμο – γεγονός που επιβεβαιώνει και το πρόσφατο δείπνο που του παρέθεσε στο Μαξίμου – όμως υπάρχουν αρκετά που διχάζουν τον προκαθήμενο της Εκκλησίας με τον υπουργό Παιδείας. Τελευταία αφορμή, οι δηλώσεις του Νίκου Φίλη για «τη συμβολή της Εκκλησίας στην ηθική κατάπτωση» και οι αποφάσεις του για τη διδασκαλία των Θρησκευτικών στα σχολεία.