Για την λειτουργία των Ιχθυοσκαλών έχει καθοριστεί ειδικό τέλος σε ποσοστό 2% επί της αξίας των πωλουμένων αλιευμάτων στην ιχθυόσκαλα, το οποίο οφείλουν να καταβάλουν οι συναλλασσόμενοι λόγω των προσφερομένων, από την Ιχθυόσκαλα σε αυτούς υπηρεσιών (Υπουργική Απόφαση με αριθμό158825/2003). Επίσης έχει θεσμοθετηθεί η καταβολή επί πλέον τριάντα λεπτών (0,30) ευρώ ανά ιχθυοκιβώτιο που καταβάλλεται στην ιχθυόσκαλα από τους αγοραστές αλιευμάτων ή τους διακινητές προς άλλες Ιχθυόσκαλες ή αγορές. Οι διαδικασίες συλλογής των τιμολογίων των εμπόρων της Ιχθυόσκαλας και ο έλεγχος των διακινουμένων ιχθυοκιβωτίων είναι χρονοβόρες και πολλές φορές στερούνται αποτελεσματικότητας. Αυτό έχει ως συνέπεια την απώλεια δημόσιων εσόδων.