Τιμώντας θεούς και ήρωες
Ο Μαραθώνας αποτελεί σύμβολο της δόξας της Αθήνας, προμάχου της Ελλάδος και της ανωτερότητας του Αθηναίου οπλίτη έναντι του Ασιάτη τοξότη. Με τον επικό χαρακτήρα της μάχης θα συνδεθούν ιστορίες όχι μόνο για ηρωικούς θανάτους σαν αυτόν του Κυνέγειρου, του Καλλίμαχου και του Επίζηλου, αλλά και για απίστευτα ατομικά κατορθώματα όπως του Φειδιππίδη και του μαραθωνοδρόμου που ξεψυχάει φέρνοντας το μήνυμα της νίκης.
Μια άλλη, μυθική, διάσταση δίνει στη νίκη η επιφάνεια θεών και ηρώων, οι οποίοι έρχονται επίκουροι στη μεγάλη μάχη: ο Πάνας από τα αρκαδικά βουνά, ο Θησέας από τον κάτω κόσμο, ο Ηρακλής από τον Όλυμπο μαζί με την Αθηνά, ο τοπικός ήρωας Μαραθών και ο αγροτικός Έχετλος. Στην επιφάνεια της Αθηνάς στο Μαραθώνα αναφέρεται πιθανώς το στεφάνι που από τότε κοσμεί το κράνος της θεάς στα νομίσματα της πόλης της καθώς και η κουκουβάγια με τα ανοιγμένα φτερά που στολίζει τα περίφημα δεκάδραχμα του 486 π.Χ. Αλλά και την Άρτεμη τίμησαν οι Αθηναίοι προσθέτοντας δίπλα στην κουκουβάγια, στην οπίσθια όψη των τετραδράχμων, τη σελήνη στο χάσιμό της.
Στο επίκεντρο βρίσκονταν οι τάφοι των Μαραθωνομάχων. Γύρω από τους τάφους οργανώθηκαν, πολύ σύντομα, επιτάφιοι αγώνες προς τιμήν τους. Ακόμα έως τα ύστερα ελληνιστικά χρόνια ο τύμβος θα αποτελεί τόπο μνήμης των αθηναίων Eφήβων, οι οποίοι έρχονται να θυσιάσουν και να στεφανώσουν τους τάφους εκείνων που πέθαναν για την ελευθερία. Αιώνες μετά, όπως λέγανε οι ντόπιοι στον Παυσανία, ολόκληρο το πεδίο της μάχης στοίχειωνε τις νύχτες από κραυγές, χλιμιντρίσματα αλόγων και την αόρατη παρουσία των ηρωικών νεκρών.
Πέρα από την περιοχή του Μαραθώνα, οι πολεμιστές του θα αφιερώσουν συμβολικά στον ιερό χώρο της Ολυμπίας δύο κράνη: ένα περσικό, ανάθημα των Αθηναίων από τα λάφυρα, και το κορινθιακό κράνος του ίδιου του στρατηγού Μιλτιάδη. Στο ιερό των Δελφών η σειρά αγαλμάτων (σύνταγμα) των ηρώων των αττικών φυλών και ο δωρικός ναΐσκος με τα αναθήματα των Αθηναίων («Θησαυρός»), αποτελούσαν τρανή απόδειξη της αναγνώρισης της σημασίας της μάχης. Αντίστοιχα, οι μετόπες του ναΐσκου εξιστορούσαν τους άθλους του Ηρακλή και του Θησέα που κατεξοχήν συνδέονταν με το Μαραθώνα.
Μετά την άνοδο του γιου του Μιλτιάδη, Κίμωνα, στο πολιτικό προσκήνιο στήνεται στο Μαραθώνα μαρμάρινο τρόπαιο και κενοτάφειο για το μεγάλο στρατηγό. Κεντρική είναι, επίσης, η θέση του Μιλτιάδη ανάμεσα στους θεούς και τους ήρωες στην παράσταση της Ποικίλης στοάς στην Αγορά.
Τέλος, το μεγαλείο της μάχης μαρτυρούσαν δύο μεγάλα έργα του Φειδία: το κολοσσιαίο χάλκινο άγαλμα της Αθηνάς Προμάχου στην Ακρόπολη, καθυστερημένη προσφορά της δεκάτης των λαφύρων της μάχης και το επίσης γιγαντιαίο ακρολιθικό άγαλμα της Αθηναίας Αρείας στην πιστή σύμμαχο, την πόλη των Πλαταιών.